Program Studi Pendidikan Dokter FK Undip sebagai pengelola pendidikan di bidang kedokteran, menetapkan misi sebagai berikut:

1. Menyelenggarakan pendidikan tahap akademik pada bidang Ilmu Kedokteran yang unggul, professional dan inovatif untuk menghasilkan lulusan yang kompetitif di tingkat Internasional.

2. Menyelenggarakan penelitian inovatif dan berkelanjutan pada bidang  Ilmu Kedokteran  untuk menghasilkan  luaran yang bermanfaat bagi ilmu pengetahuan dan masyarakat.

3. Menyelenggarakan pengabdian kepada masyarakat berbasis riset inovatif pada bidang kedokteran untuk meningkatkan derajat kesehatan dan kemandirian masyarakat.

4. Menyelenggarakan  tata  kelola  program  studi  yang  efisien, akuntabel, dan transparan untuk mendukung tercapainya VMTS Fakultas.